پاکستان هرنوع دست داشتن در کشتن الظواهری را رد کرد
کشتن رهبر القاعده که جایزه 25 میلیون دالری بالای سرش تعیین شده بود، سئوالاتی را در مورد چگونگی اجرای این عملیات از سوی سی‌آی‌ای مطرح کرده است. سازمان سی‌آی‌ای پس از خروج نیروهای خارجی به رهبری امریکا از افغانستان، هیچ پایگاهی در پاکستان و افغانستان ندارد.
گمانه زنی‌هایی وجود دارد که ممکن پاکستان در از بین بردن رهبر القاعده نقش داشته باشد. این گمانه‌زنی‌ها با گفت‌وگوی تیلفونی جنرال قمر جاوید باجوا رییس ستاد ارتش پاکستان و فرمانده سنتکام 48 ساعت قبل از حمله سی‌آی‌ای در کابل تحریک شد.
یک منبع از دولت پاکستان که از این موضوع آگاهی دارد، به اکسپرس تریبون گفت: «قتل [ایمن‌الظواهری] موضوع داخلی افغانستان است. پاکستان به هیچ وجه هیچ نوع نقشی نداشت. آنها [امریکا] گزینه‌های زیادی در منطقه دارند. با این حال، این [هواپیمای بدون سرنشین] از پاکستان یا از طریق فضای هوایی این کشور پرواز نکرده است.»
استفاده ایالات متحده از خاک پاکستان و فضای هوایی پاکستان از زمان خروج نیروهای خارجی در اگست سال گذشته، موضوع بحث‌برانگیز بوده است.
گفتنی است که پیش از خروج ایالات متحده از افغانستان، گزارش‌هایی مبنی بر اینکه دولت بایدن می‌خواست با ایجاد یک پایگاه هوایی برای عملیات ضد تروریزم در منطقه، توافق‌نامه‌ای با پاکستان امضا کند، وجود داشت.